Ésta es la historia mágica de un bebé recién nacido abandonado a la puerta de un monasterio franciscano, que crece hasta convertirse en un muchacho de 5 años alegre y generoso al que llaman Marcelino.
Marcelino, que puede hablar con los animales, mantiene una relación muy cercana con los árboles y las plantas. Le encanta descubrir cosas nuevas, y hace a menudo preguntas inusuales. Los frailes educan y aman a muchacho pero a veces quedan perplejos por las preguntas de Marcelino y sus acciones.
Un día Marcelino encuentró a un hombre crucificado sobre una vieja cruz en el ático del monasterio. Viendo a un hombre tranquilo, herido y ojeroso, él siente gran dolor y compasión por él, aunque él no entienda por qué el hombre ha sido crucificado. Asi que cuando él visita la imagen de Cristo en el ático, le trae pan y vino cada día, la amistad profunda y el afecto para aquel hombre solitario comienzan a crecer en el corazón del muchacho.
La vida de Marcelino es feliz, a pesar de que siempre pregunta cosas y está buscando a su madre desconocida.