Dos años han pasado desde que Hei y Yin evitaron al Sindicato después de los acontecimientos de la primera temporada. Viajando por Rusia, Hei encuentra a una joven muchacha llamada Suou Pavlichenko, cuya familia practicamente es eliminada en la guerra entre contratistas y varias facciones de inteligencia. Mientras tanto, Misaki Kirihara ha dejado su posición en Asuntos exteriores para comenzar sus propias investigaciones sobre Hei, los Contratistas y el Sindicato.
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