Unos meses después de lo acontecido en la serie de OVAs Saber Marionette J, esta nueva parte de Saber Marionette continúa las aventuras de Otaru y sus "serviciales" compañeras, las marionettes. Ahora, el malvado Faust ha vuelto, y de nuevo utiliza la tecnología Marionette que no ha sido probada. Las Saber Dolls han regresado, y se debaten entre su recién descubierto amor por Otaru y su lealtad hacia Faust. ¿Podrán Otaru, Lime, Cherry y Bloodberry detener de nuevo a Faust; o perecerán en el intento?