La humanidad está devastada por el calentamiento global y sus consecuencias, pero como si una crisis no bastase, una flota de origen desconocido, la Flota de la Niebla, apareció. Cargada con armas que podían destruir embarcaciones humanas con facilidad, el mundo cae y no parece haber solución aparente.
17 años después de la guerra devastadora entre personas y la flota, Gunzou Chihaya se hace de un submarino de la flota, el I-401 llamado Aoki Hagane, junto a sus amigos. Y ahora, junto a Iona, el modelo humanoide del submarino, tratarán de hacerle frente a la Flota de la Niebla.