Virus Buster Serge se desarrolla en 2097, en un pequeño lugar llamado Neo Hong Kong. Los habitantes de la Tierra estan siendo amenazados por una entidad que se hace llamar el Incubador, la cual ha creado un virus maligno que puede infectar tanto a humanos como a máquinas. Cuando el virus infecta a los mechas, estos se descontrolan.
Para combatirlo se forma STAND, un grupo de élite ataviado con trajes potenciados con armas y armadura. Serge se verá envuelto en la lucha debido a sus sueños. En ellos se convenció de que debía matar al lider de la STAND, Raven. Lejos de conseguirlo, Raven descubre en Serge un chico con el potencial suficiente como para combatir los ataques víricos del Incubador, y por ello le alista en su grupo.