"Doraemon y los piratas de los Mares del Sur" es una trepidante aventura en la que Doraemon conduce a los niños hacia nuevos horizontes. La búsqueda de documentación sobre el mar para un trabajo de la escuela hará que la puerta mágica de Doraemon traslade a Nobita, Shizuka, Chaian y Tsuneo hasta alta mar.
Embarcados en un inmenso y peculiar barco con la finalidad de conocer de cerca los misterios del mar, aprovecharán para ir en busca de grandes tesoros. Accidentalmente, una distorsión en la línea espacio-temporal los conducirá hasta el siglo XVII, en medio de una gran tormenta que les hace naufragar. ¡Un naufragio en pleno océano y en la época de los corsarios y piratas! Para colmo Doraemon ha perdido su bolsillo mágico. No hay tiempo que perder, Nobita y los demás deben encontrar el modo de volver a su tiempo y a sus casas. ¿Lo conseguirán?