El mundo atraviesa por una revolución industrial cuando un monstruo aparece, nadie puede derrotar a este monstruo, a menos que perfore su corazón protegido por una fuerte capa de hierro. Infectando a los humanos con su picadura, crea monstruos y zombis agresivos conocidos como Kabane.
En la isla Hinomoto, localizada en el lejano este, la gente ha construido refugios para protegerse de estas criaturas. Transportes de mercancías entran a los refugios junto con la gente con la ayuda de una locomotora a vapor llamada Hayajiro. Ikoma, un chico que vive en la estación Aragane y que ayudó a construir a Hayajiro, crea su propia arma llamada Tsuranuki Zutsu para poder derrotar a estas criaturas.
Relacionados:
Resumen: Koutetsujou no Kabaneri Soushuuhen
Secuela: Koutetsujou no Kabaneri: Unato Kessen