Macross Delta se sitúa en el año 2067, 8 años después de los acontecimientos de Macross Frontier. La historia se centra en Walküre, un equipo de talentosos Idols y pilotos de Valkyrie del escuadrón Delta, un escuadrón experimentado que luchó contra Var Syndrome, una entidad misteriosa que está consumiendo la galaxia.