Percibido como extraño y temido por el hombre, con el tiempo los deformes llegaron a ser conocidos como Mushi. Aunque no albergan malas intenciones hacia los humanos, muchos sufren los efectos secundarios de su existencia y naturaleza extraña; explotar a los Mushi sin comprenderlos, incluso sin querer, puede provocar desastres y conflictos para cualquier persona involucrada. Mushishi Zoku Shou continúa la historia de Mushishi Ginko en su viaje para ayudar al mundo visible a convivir con los Mushi.
Durante sus viajes, Ginko descubre varios individuos dotados, aquellos malditos por las circunstancias y aquellos que mantienen una frágil simbiosis con los Mushi, inevitablemente confrontando la cuestión de si la humanidad, talentosa y torturada, puede manejar la responsabilidad de lo invisible. Además, como Mushishi, Ginko debe aprender más sobre estos seres extraños y decidir si tiene derecho a interferir con las complejas relaciones entre Mushi y la humanidad.