Outbreak Company gira en torno de Shinichi Kano, un “otaku pura sangre” con un padre novelista y una madre que trabaja como ilustradora en juegos eróticos. No tiene ningún talento más allá de su vasto conocimiento, opiniones y visión del mundo del moe. Pese a todo, el gobierno japonés contrata a Shinichi como “evangelizador del moe” para acudir al Sacro Imperio de Eldant, un mundo paralelo al que se puede entrar a través de un agujero en las faldas del Monte Fuji. Dicho mundo es un mundo de fantasía en el que los dragones surcan el cielo y donde existe la magia, y allí Shinichi entablará amistad con la sirvienta mitad elfo Miusel y con la preciosa y joven emperatriz Pretarca.