Cuenta una leyenda que cada 1000 años un cometa atraviesa el cielo y que del meteorito que caiga de ese cometa saldrá un pokémon: Jirachi. Lo que hace a los Jirachi tan especiales es que, al igual que una estrella fugaz, pueden hacer realidad los deseos.
Ash y sus amigos estaban presenciando un show de un mago llamado Butler, de repente el mago sacó un extraño meteorito y Max, escucha al Jirachi, que le llama telepáticamente desde dentro del meteorito. Una vez descubierto el singular pokemon, Ash y sus amigos consiguen sacar al Jirachi cantando una canción especial.
Pero mientras nuestros héroes celebran la llegada de su nuevo amigo, Butler aprovecha para usar el poder del Jirachi y activa una poderosa máquina maligna, Groudon. ¿Será Groudon demasiado poderoso? ¿Conseguirá Ash detenerlo? ¿Salvarán nuestros amigos el mundo?