El Blue World, el cual simboliza la razón, está bajo constante ataque de unas criaturas llamadas Nightfly O'Note provenientes de Red World, que simboliza el instinto. Akira Asagi, la protagonista de esta historia, es una investigadora en Blue World quien es nominada a liderar la guerra en Ryuukyuu LAG, una orgullosa unidad de defensa en las islas de Ishigaki e Iriomote. Allí se encuentra con la sexta unidad de combate "IS", que se formó cuatro años después de una fiera batalla que aniquiló a la quinta unidad. Aira deberá liderar a estos seis pilotos, también conocidos como "Scared Rider Xechs", para pelear contra el otro mundo.