Al vencer al líder del Comité de Moral Pública, Myouri Unzen, Medaka ha puesto en marcha un proyecto que el director de la Academia Hakoniwa esperaba con ansias: El Plan Probeta.
Bajo este plan, el director intenta manipular a Medaka para que cumpla sus objetivos enfrentando al Consejo Estudiantil contra la Clase 13. Un grupo de individuos que se hacen llamar Anormales.
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