Es el año 2071 d.C., la humanidad ha colonizado el Sistema Solar, las naves utilizan portales hiper-espaciales para viajar entre los planetas a velocidades superiores a las de la luz. La Tierra se ha convertido en un montón de escombros debido a un accidente con un portal, el sistema colapsó y la gente tuvo que abandonar su paraíso terrenal hacia las estrellas llevándose con ellos un confuso concepto de justicia, violencia, libertad y amor.
Nuevas reglas se establecen y nace una generación de caza-recompensas. La gente se refiere a ellos como "cowboys". Spike Spiegel y Jet Black, un viejo cyborg policía ya retirado, se unen y forman una nueva pareja de caza-recompensas. A bordo de la nave "Bebop", Spike y Jet recorren la galaxia en busca de criminales, específicamente aquellos quienes tienen jugosas recompensas por sus cabezas.