Mikan es una chica llena de energía que vive en una ciudad. Siguiendo a su mejor amiga Hotaru, que se había mudado, encontró el "Alice Gakuen". Pero éste era un colegio especial en el que solo podían entrar aquellos que tuviesen unos poderes llamados "Alice". Se las arregló para entrar en el colegio, pero estaba desconcertada por el ambiente especial que había allí. ¿En qué se convertirán sus dias de colegio?