La Capital del Agua, Arutomaare, es considerada la ciudad mas bonita del mundo. En ese lugar Ash conoce a unos Pokémon con poderes especiales, Latios y Latias. La relación entre el hermano mayor, Latios, y la hermana pequeña, Latias, es bastante amigable.
Entre los dos deben proteger el "Rocío del Alma", un tesoro escondido en algún lugar de la ciudad. Los famosos ladrones Annie y Oakly, del Team Rocket, quieren hacerse con este preciado tesoro. Tras el robo de una joya escondida, la ciudad está destinada al desastre... ¿Cómo conseguirán Ash y Pikachu salvar esta bella ciudad?