Rewrite se sitúa en la ciudad ficticia de Kazamatsuri, donde la plantación de árboles y la reforestación ha causado que la ciudad esté llena de árboles y flores así como otras ciudades están llenas de edificios. Sin embargo, mientras la mayor parte de la ciudad parece ser rural, también existen muchas tradiciones citadinas. Y aunque parezca una gran metrópolis se respiran muchos aires de nostalgia.
Tennouji Kotarou vive en esta ciudad. Él es una estudiante que tiene la habilidad de "reescribir" su propio cuerpo; puede volverse tan fuerte y tan rápido como lo desee. Juanto a cinco de sus compañeras de escuela, se dedicarán a investigar los misterios sobrenaturales que les rodean