Yu-Gi-Oh es la historia de Yuugi Mutou. Es un estudiante más bajo de lo normal, y por eso se suelen reir de él. Aparte de ésto, su extraño abuelo tiene la aficción de coleccionar artefactos antiguos y objetos raros, y Yuugi se acaba obsesionando por una vieja cajita egipcia que contiene un puñado de pequeñas piezas.
El puzzle dorado le absorve , no puede parar de pensar en otra cosa que no sea completarlo. Cuando lo consigue, desata un antiguo poder. Le concede la habilidad de transformarse en una versión más poderosa de él mismo, y de controlar los "Juegos de la Oscuridad".