Basado en la historia publicada en Magazine's desde Marzo de 1999, Sister Princess tuvo secuelas como anime y juego de Playstation. La historia se enfoca en 12 pequeñas hermanas (Karen, Sakuya, Hinako, Marie, Chikage, Yotsuba, Haruka, Rinrin, Mamoru, Aria, Kaho y Shirayuki) que no pueden dejar de amar a su hermano mayor a su manera.
En la versión de anime, el nombre del hermano es Minakami Wataru. Wataru es un estudiante destacado en el instituto que falla en su examen de acceso a la universidad. Sin embargo, es admitido en la Universidad de Star Gazers Hill por recomendación. La universidad está en una isla, Promise Island, y se encuentra con dos extrañas personas en el barco. Una es Yamada Tataru y la otra es Mami.
Cuando se baja del barco, se cae al mar y es salvado por Karen, una de sus hermanas. A partir de ahí la historia comienza...