Un día Black Jack, considerado por muchos el mejor cirujano de toda la historia, recibe una llamada de su padre, que les abandonó a él y a su madre hace décadas, pidiéndole ayuda.
Desde ese mismo instante, su vida no volverá a ser la misma, ya que una misteriosa organización trata de asesinarle y destruye su casa en el intento. Ahora Black Jack viaja por todo el mundo, intentando descubrir quien está detrás de ese intento de asesinato y sus motivos.