En el año 2065, el siguiente gran asalto contra la raza invasora de Aliens está apunto de ser lanzada. Dr. Aki Ross, una joven y brillante científico, se encuentra contra reloj para poder identificar los secretos de estos alienigenas, no sólo para salvar al planeta, si no también para salvarse a ella misma ya que su cuerpo esta infectado con partículas alienigenas. Para esto hace equipo con el prestigioso escuadrón militar 'Deep Eyes' encabezado por su viejo amigo Grey Edwards. Pero tanto como Aki, como su mentor Dr. Sid, y Grey trabajan en conjunto para lograr un un final pacifico, el General Hein crea un plan para erradicar a los aliens en un sólo golpe... incluso si como consecuencia la Tierra y ellos mismos son destruidos.