En Moyashimon, Tadayasu Sawaki posee una habilidad extraordinaria: es capaz de ver y comunicarse con bacterias y diversos microorganismos. Cuando llega a la universidad agrícola con su amigo de la infancia Kei Yuuki, conoce a un misterioso profesor, antiguo amigo de su padre, que le hará pasar por muchas extravagantes historias.